中台佛教学院设有男众分院与女众分院，各有“研究所”及“学院部”两大部门。研究所的学程为三年，前两年为教理学分，第三年为实习并写论文，论文通过后取得硕士学位。学院部下设有“高级部”及“大学部”，高级部的学程为三年，大学部的学程为二年，此二部所学为研究所奠定必备的佛学基础。