在大和尚「教理、禪定、福德」三環一體的教育理念下，學院開設戒、定、慧三學兼備的諸類課程，使學僧能有系統的循序漸進，一步步深入佛法的堂奧；更以宗門心法的薰習，冀能頓見自性，直契佛心。

• 佛學──
  由導師　上惟下覺大和尚親自指導禪修及研究課程，其中戒律學、佛法綱要、八宗綱要、唯識學、教觀綱宗、楞嚴經、大乘起信論、禪宗、經論研討、觀行、梵唄等為必修課程，並配合幻燈片教學，複講，報告，筆記，作業，背誦，戶外教學及電腦等方式。如此紮實的薰修，必能使學僧應機契理，妙冥心印，深入佛智。
  
  
• 世學──
  佛法不離世間法，菩薩向五明處學，弘法利生須要博學多聞，故佛學院除了佛學課，還開設了國文、文字學、四書、古文觀止、英文、電腦、書法、國畫、美工……等世學課程，充實學僧行菩薩道之資糧，使佛法更具有時代精神。

• 禪者，佛之心。佛學院的課程，著重教觀雙運，解行並重。學僧必須熟悉數息觀、不淨觀、慈悲觀、四念處及中道實相觀等各種觀行，每天除了早晚課誦坐香外，每天上午另有一小時的靜坐課，並每月定期舉辦一日禪、每學期舉辦三日禪及精進禪七。

• 日常作務──

  山中忙碌有生涯 此外別無玄妙事

  學僧每日有固定坡事，藉由環境清潔、大寮、行堂輪值等種種坡事發心，不僅養成勤勞、務實的美德，更能將佛法落實於日常生活中，體會事理圓融，動靜一如的修行。
  
  
• 法會訓練──

  靜則一念不生 動則萬善圓彰

  中台山寺的法會多由學僧參與籌劃執行，一者訓練領導能力，二者學習各種職司經驗，三者增長福德資糧，四者動中磨練。不同的法會及職司薰修，不是課外活動，而是日用修行，廣植福慧資糧的重要課程。